A Aerolineas Argentinas tem suas origens no ano de 1949 quando o governo decidiu pela fusão de quatro empresas locais: FAMA (Flota Aerea Mercante Argentina), ALFA (Aviación del Litoral Fluvial Argentino), ZONDA (Zonas Oeste y Norte de Aerolineas Argentinas) e a Aeroposta Argentina.

Entre as quatro, a Aeroposta Argentina era a mais antiga, tendo iniciado suas atividades em 1928.

A ALFA dedicava-se desde 1938 ao transporte aéreo utilizando-se de hidroaviões enquanto que a ZONDA fora fundada em 1946 como empresa regional e doméstica com uma frota de Douglas DC-3.

A FAMA, naquele momento a maior das quatro empresas, havia sido fundada em 1946 e tinha o status de empresa de bandeira argentina. Naquele mesmo ano iniciou voos para Londres com equipamento Douglas DC-4.

Com a formação da Aerolineas Argentinas, as quatro empresas deixaram de existir em 31 de dezembro de 1949.

Nos anos seguintes a malha doméstica cresceu rapidamente; Os voos internacionais (para Nova Iorque) foram iniciados em março de 1950.

O seu primeiro jato, um Comet 4, foi recebido em janeiro de 1959; Ao todo foram operados 14 exemplares desta aeronave, a última deixando a frota da empresa em dezembro de 1972.

Em 1962 colocou em operação os jatos Caravelle em suas linhas domésticas e regionais; Os primeiros aviões de fuselagem larga, do tipo Boeing 747, foram recebidos em 1979, e ainda hoje integram a frota de longo alcance da empresa.

No início da década de 90 foi privatizada, a espanhola Ibéria, adquire 85% do capital.

Em 1998 a American Airlines foi autorizada a adquirir 8,5% de suas ações, a American também desistiu

Nos primeiros meses de 2001 foram cancelados diversos voos internacionais, inclusive para o Brasil.

Boa parte da frota foi estacionada em Buenos Aires/Ezeiza, com o arrendamento de quatro Airbus A340-200 (e encomenda de seis A340-600) mantendo-se apenas um punhado de voos domésticos.

Em 2002 foi adquirida pelo Grupo Marsans, a empresa consolidou suas operações junto à Austral e retomou os voos internacionais. Apresentou também uma nova identidade visual, unificada para as duas frotas.

Em julho de 2008 o Grupo Marsans foi obrigado a se retirar do comando da companhia pelo estado argentino por dívidas que chegavam ao valor de 890 milhões de dólares.

O governo argentino então decidiu estatizar a empresa com o objetivo de manter os empregos e as rotas em funcionamento.

Após inúmeras negociações com a oposição que era contra a entrada do estado e o pagamento das dívidas herdadas da administração passada, o projeto foi aprovado no senado argentino em setembro de 2008 e transformado em lei em dezembro do mesmo ano.

Em Janeiro de 2009 a presidente argentina Cristina Kirchner nomeia uma nova diretoria para administrar a empresa.

Essa nova diretoria terá como missão renovar a empresa com a compra de novos aviões e a reativação de rotas abandonadas após a crise vivida pela empresa.

Em Outubro de 2010, a Aerolineas confirma em seu site a assinatura de um memorando; assinado em Amsterdã, em final de outubro de 2010, para entrar na aliança de linhas aéreas Skyteam, se juntando assim a aliança que conta com o grupo liderado por empresas como Delta Airlines, Air France-KLM, Alitalia, dentre outras.

No dia 29 de Agosto de 2012, Aerolineas Argentinas entra no grupo Skyteam, tornando-se seu 18º membro efetivo.