A companhia aérea foi fundada em 1959 como "Polynesian Airlines", e iniciou suas operações em agosto daquele ano.

Em 1969, operava voos diários para Pago Pago usando um Douglas DC-3, bem como serviços para Tonga e Fiji usando um Hawker Siddeley HS 748 fretado.

Em 2005, os voos internacionais da companhia aérea foram assumidos pela Polynesian Blue, uma nova companhia aérea estabelecida como uma joint venture entre o governo de Samoa e a companhia aérea australiana de baixo custo Virgin Blue.

Tanto o governo de Samoa quanto a Virgin Blue detinham 49% da propriedade da nova companhia aérea, com os 2% restantes detidos por um grupo de investimento samoano.

O governo de Samoa citou o aumento dos custos operacionais da Polynesian Airlines, que representava mais da metade do orçamento anual do governo, como uma das principais razões para suspender suas operações internacionais.

No entanto, a Polynesian Airlines continuou a operar voos turboélice em Samoa e Samoa Americana.

Em 2011, a Virgin Blue anunciou uma mudança de marca de seu grupo de companhias aéreas, com sua subsidiária samoana sendo renomeada para "Virgin Samoa".

Em 2017, o governo de Samoa anunciou que estava fechando a Virgin Samoa, citando a falta de preços competitivos e desempenho decepcionante.

Em seu lugar, a Polynesian Airlines retomaria os voos internacionais com o novo nome de "Samoa Airways".

A estatal Samoa Airways fez parceria com a Fiji Airways para ajudar nas operações de voos internacionais, e alugou um Boeing 737-800 da companhia aérea italiana Neos em um acordo intermediado pela Icelandair.

Os voos internacionais recomeçaram em 14 de novembro de 2017, com a Samoa Airways voando de Apia para Auckland.